Se recomienda realizar la toma de muestras antes de iniciar algún tratamiento con antibióticos, a excepción de que el médico así lo solicite. Recolectar en un contenedor de farmacia estéril una muestra de materia fecal reciente. La muestra debe ser aproximadamente del tamaño de una nuez, o un estimado de 5 ml como mínimo, cuando se trata de una muestra diarreica. En caso de pacientes pediátricos, la muestra de materia fecal puede ser recolectada directamente en el pañal y con ayuda de un abatelenguas o una cuchara limpia ser depositada en el recipiente (se debe cuidar dentro de lo posible que la muestra de heces no tenga contacto con orina) Las muestras contenidas en pañales serán rechazadas.